A finalidade do serviço de sanidade é o controlo regular das doenças da espécie bovina e dos pequenos ruminantes, tendo como meta a classificação sanitária das explorações.
Paralelamente, os técnicos deste serviço procedem à identificação e registo dos animais, com informatização dos documentos desses registos, efetuando também a receção e informatização dos modelos resultantes da movimentação animal e quedas de brincos, de acordo com o SNIRA (Serviço Nacional de Identificação e Registo Animal).